后勤管理处是学校后勤保障的管理机构，是一个面向广大师生服务的机关处室。其主要工作职责是：探索和推进后勤社会化的改革进程；实施住房分配货币化与完善住房制度改革；负责学校各类固定资产的总帐管理；承担学校公用事业的管理和环保、节能等工作；制定并实施学校修缮工作年度计划；负责军工路和学海路校区物业工作的督管，推进校园管理社会化；制定并实施校园绿化规划；组织开展安全生产与防汛防台工作。

    后勤服务中心是原学校总务处与学校规范分离后，以并入的形式进入上海高校后勤服务中心的后勤服务实体，接受学校和上海高校后勤服务中心的双重领导。中心实行企业化管理，设有行政管理中心（含办公室、财务部、人力资源开发部和质量管理办公室），并拥有饮食服务中心、社区管理中心、教材与物资采供中心、物业管理中心、医疗服务中心、勤工助学服务中心、交通服务中心、专家接待中心、文印室、收发室和上海海洋大学服务公司等11个服务实体。